ストーリーボードを使う前提です。
1.Storyboard上にて、高さを変更したいビューにHeight制約を追加します。高さ指定は何でも良いです。
2.追加した制約を.hファイルへアウトレット接続します(control+ドラッグ)
こんな感じでプロパティが定義されます
@property (weak, nonatomic) IBOutlet NSLAYOUTConstraint *hogehogeHeight;
3.定義されたプロパティに値を設定します
.mファイル内のvieDidloadとかで高さを設定します
_hogehogeHeight.constant = 100;